Fu una tra le prime libere università sorte in Italia, eretta a Studium Generale l’8 settembre 1308, come attesta la Bolla papale “Super Specula” di Clemente V. Un’ istituzione che educava alle arti della medicina e della legge esisteva comunque sin dagli inizi del 1200, finanziata principalmente dal Comune di Perugia. Prima del 1300 si attesta le presenza di diverse universitates scholarium. Il celebre giurista civile Jacopo di Belviso vi insegnò dal 1316 al 1324. Il primo d’agosto del 1318 papa Giovanni XXII diede all’Università il diritto di conferire lauree in legge civile e canonica, ed il 18 febbraio 1328  in medicina  e nelle arti. Ai tempi di Bartolo da Sassoferrato, lo studium era talmente affermato che si diceva che vi erano tria lumina in orbe: Bologna, Parigi  e Perugia.

Il 19 maggio 1355 l’imperatore Carlo IV promulgò un editto a rafforzare le bolle papali e ad elevare l’Università al rango di imperiale, al fine di favorire la rinascita della città dopo le ondate pestilenziali degli anni 1348-49. Nel 1362 fu fondato dal cardinale Niccolò Capocci il Collegium Gregorianum (successivamente rinominato Sapienza Vecchia), che all’atto della costituzione poteva ospitare sino a 40 giovani. In visita alla città l’11 ottobre 1371, Gregorio XI elevò la neonata facoltà di teologia al livello di Studium Generale. Questa facoltà venne soppressa, e le sue proprietà consegnate all’università, nel 1811. Nel 1426 nacque su iniziativa di Benedetto Guidalotti, vescovo di Recanati, e con l’approvazione di Martino V, il Collegio di San Girolamo. In seguito rinominato Sapienza nuova, si trattava di un ostello gratuito per studenti forestieri che non si potevano pagare gli studi, e si fuse con l’università nel 1829. Con la restaurazione pontificia (1814-1860) la Sapienza Nuova venne riaperta da Pio VII con il nome di Collegio Pio ed il 27 agosto 1824 Leone XII ne fece il collegio principale dell’università. Durante la repubblica giacobina, nel 1798, l’Università cambiò sede in seguito all’esproprio del vecchio Convento Olivetano di Monte Morcino, dove stabilì la propria residenza, rimasta invariata sino ai giorni nostri.